Der Verein wurde 1904 von Mitarbeitern des deutschen Pharmaunternehmens Bayer AG gegründet, dessen Hauptsitz sich in Leverkusen befindet und von dem der Verein seinen Namen hat. Er war früher die bekannteste Abteilung des TSV Bayer 04 Leverkusen, eines Sportvereins, dessen Mitglieder auch Leichtathletik, Turnen, Basketball und andere Sportarten wie den RTHC Bayer Leverkusen (Rudern, Tennis und Hockey) betreiben. Im Jahr 1999 wurde die Fußballabteilung aus dem Sportverein ausgegliedert und ist nun eine eigenständige Gesellschaft mit dem Namen Bayer 04 Leverkusen GmbH. Die Hauptfarben des Vereins sind Rot und Schwarz, die auch als Hauptfarben für die Trikots und als Heimfarben verwendet werden.